Kaydedildiğine göre Sultan II. Bâyezid Amasya'da vali iken Halvetiyye'den Şeyh Çelebi Halîfe (Cemal Halvetî, ö. 899/1494) ve Bayramiyye’den Şeyh Muhyiddin Yavsî ile çok samimi ilişkiler kurmuş ve her ikisinden de el almıştı.
Kaydedildiğine göre Sultan II. Bayezid Amasya'da vali iken Halvetiyye'den Şeyh Çelebi Halîfe (Cemal Halvetî, ö. 899/1494) ve Bayramiyye'den Şeyh Muhyiddin Yavsî ile çok samimi ilişkiler kurmuş ve her ikisinden de el almıştı. Babası Fatih Sultan Mehmed'in vefatı üzerine İstanbul'da tahta oturduktan sonra II. Bayezid bu iki Şeyhi başkente davet Etti ve burada teşkilatlanmalarına imkan sağladı. Bu gelişme devlet adamlarının Halvetiyye ve Bayramiyye'den rağbet etmesine ve böylece bu tarikatların öne çıkmasına sebep olmuştu. Ayrıca Lamiî Çelebi'nin kaydettiği Fatih Sultan Mehmed devrinde Halvetiyye ile Zeyniyye arasında bir çekişme ve rekabetin yaşandığını gösteren bir olaya da burada işaret edilmelidir. Rivayete göre Halvetiyye büyüklerinden Şeyh Ali Rûmî'ye İstanbul'da birçok ileri gelen devlet adamı ve dîvan üyeleri mürid olunca Fatih "arz-ı saltanat" endişesiyle şeyhin başkenti terk etmesini istemiş, o da buradan ayrılıp gitmişti. Bu olayda Zeyniyye şeyhlerinden Abdüllatif Kudsî'nin Bursa'daki halifesi Taceddin İbrahim Karamanî'nin (Taceddin Halîfe. Safer 872/Eylül. 1467) önemli rolü olduğu, Şeyh Ali Rûmî'nin İstanbul'dan uzaklaştırılması için dervişlerini onun aleyhine çalıştırdığı nakledilmektedir. Zeyniyye'nin galibiyeti ile neticelendiği anlaşılan bu olaydan sonra, Fatih Sultan Mehmed'in ölümü Öncesi ve sonrasında meydana gelen bir kısım olayların ise Zeyniyye 'yi; özellikle de Şeyh Vefa ile devam eden silsilesini çok olumsuz etkilediği görülmektedir. Siyasi olarak Fatih'in oğlu Şehzade Bayezid ile sadrazamı Karamanî Mehmed Paşa'nın taraf olduğu bu olaylarda, sadrazama destek olan Şeyh Vefa ile Şehzade Bayezid yanında yer alan Halvetiyye şeyhi Çelebi Halîfe de ister istemez karşı karşıya gelmiştir. Olay Mehmed Paşa'nın bertaraf edilmesi ve Bayezid'in tahta oturması şeklinde neticelenince tabiî olarak Şeyh Vefa ve tekkesi arka plana düşmüş, Halvetîler ise ön plana çıkmıştır. Bununla birlikte şu da belirtilmelidir ki, İstanbul'da Âşıkpaşazade (ö. 889/1484'ten sonra) ve ardından damadı Seyyid Velayet'in (ö Muharrem, 929/Aralık 1522) meşihatını üstlendiği Fatih Haydar'daki Zeyniyye tekkesi Sultan II. Bayezid dönemde canlılığını korumuş, saray çevrelerinin buraya maddî ve manevî desteği artarak devam etmiştir. Ne var ki bu tekke de muhtemelen Yavuz Sultan Selim dönemi ile birlikte geri planda kalmaya başlamıştır. Zira Sultan Selim'in babasına karşı giriştiği saltanat mücadelesi sırasında işin akıbetini öğrenebilmek için müracaat ettiği bütün şeyhlerden saltanat müjdesi aldığı halde Seyyid Velayet'in ona mesafeli durup müracaatına cevap vermediği nakledilmektedir.Seyyid Velayet daha sonra zorla huzura çıkarılınca Yavuz'a, "Yakında sultan olacaksın, ama ömrün uzun olmayacak" dediği nakledilmektedir Gelişen olaylarla bağlantılı olarak devlet erkanının desteğini büyük ölçüde kaybettiği için Halvetiyye ve Bayramiye'nin gerisinde kalan Zeyniyye, muhtemelen bazı tasavvufî düşünce ve prensipleri sebebiyle de medrese çevrelerinin desteğini yitirmiş ve ilmiye mensuplarının Nakşibendiyye' ye yönelmesine sebep olmuştur. Nakşibendiyye'nin de Zeyniyye gibi batın ilimlerinin yanı sıra zaḫir ilimlerine de değer vermesi ve şeriat-tarîkat birlikteliğine vurgu yapması bu iki tarikatın ortak özellikleri olarak öne çıksa da, medrese çevrelerinin Nakşibendiye'yi Zeyniyye 'ye tercih etmelerini gerektirecek bazı önemli farklılıkların olduğu görülmektedir. Kanaatime göre Zeyniyye'den benimsenen "sema ve devran ile zikir", "zühd anlayışı" ve "evlilikle ilgili tutum(Dervişlik eğitimi bitmeden ve ilim bitmeden bu tarikatta evlenmek uygun görülmüyordu.) bu farklılıkların en önemlileridir. Sesli zikir (zikr-i cehrî) uygulayan tasavvuf ehli ile Ulema arasında sema ve devran sebebiyle zaman zaman ciddî tartışmaların meydana geldiği bilinmektedir. Nakşibendiyye 'de ise gizli zikir (zikr-i hafî) prensibi gereği böyle bir uygulama olmadığı için, alimler bu tarikatı diğerlerine göre kendilerine daha yakın bulmuşlardır. Diğer yandan tasavvufta ahirete yönelmek için dünyaya ilgi göstermemek anlamında kullanılan zühd prensibi, bazı sûfilerce "Dünya ve nimetlerine hiç sahip olmama " şeklinde, bazılarınca ise "Dünya nimetlerinin sevgisini gönüle sokmama" şeklinde anlaşılmış ve uygulanmıştır. Zeyniyye tarikatında birincisinin, yani dünyaya hiç sahip olmamanın esas alındığı ve bunun müridin manen yol alabilmesi (seyrü sülük) için temel şartlardan biri olarak kabul edildiği görülmektedir. Oysa Anadolu'da Nakşibendiyye'nin de içinde bulunduğu birçok tarikat zühd prensibini daha çok ikinci anlamıyla uygulamış; sevgisi kalbe sokulmadıkça dünya nimetlerini elde etmenin, makam ve mevki sahibi olmanın zühde mani olmayacağı belirtilmiştir. Eğer Zeyniyye tarikatında zühd anlayışı tavizsiz bir biçimde uygulandı ise, Ulema içinde bulunduğu şartlar -gereği Nakşibendiye'yi kendisi için daha uygun bir tarikat olarak görmüş olabilir.
