Anadolu Selçukluları devrinde Vefâiyye’nin etkisi Dede Garkın’la sınırlı kalmamıştır. Sivas Suşehri yakınlarında zaviyeleri olan Şeyh Behlûl b. Hüseyin el-Horasânî ve Şeyh Hüseyin Râî ile (Çoban Baba) Halîl b. Bedreddin el-Kürdî, Şeyh Merzübân ve Dede Garkın’ın halifesi Baba İlyâs-ı Horasânî de bu dönemde tarikatın Anadolu sahasındaki en önemli temsilcileridir.
Anadolu Selçukluları devrinde Vefaiyye'nin etkisi Dede Garkın'la sınırlı kalmamıştır. Sivas Suşehri yakınlarında zaviyeleri olan Şeyh Behlûl b. Hüseyin el-Horasanî ve Şeyh Hüseyin Raî ile (Çoban Baba) Halîl b. Bedreddin el-Kürdî, Şeyh Merzüban ve Dede Garkın'ın halifesi Baba İlyas-ı Horasanî de bu dönemde tarikatın Anadolu sahasındaki en önemli temsilcileridir. Bunlardan asıl adı Şeyh Mahmûd b. Şeyh Ali el-Hüseynî el-Bağdadî olan Şeyh Merzüban, Selçuklu iktidarı ile yakın ilişkiler kurdu ve Sultan III. Gıyaseddin Keyhusrev tarafından zaviyesi için 1274 yılında bazı vakıflar tahsis edildi. Bu şeyhler arasında Dede Garkın'ın halifesi Baba İlyas'ın hem yaşadığı dönemde hem de halifeleri vasıtasıyla Osmanlı döneminde Vefaiyye'nin yayılmasında büyük payı vardır. Dolayısıyla onu Dede Garkın'dan sonra Anadolu'da en çok iz bırakan Vefaî şeyhi olarak kabul etmek mümkündür. Baba İlyas'ın bu kadar tanınmasında, Anadolu'nun kırsal kesimindeki mürîdlerinin çokluğu kadar Anadolu Selçuklu Devleti'ni yıkılışa sürükleyen meşhur Babaîler İsyanı'nı çıkaran şahsiyet olmasının da etkisi vardır. Seyyid Ebü'l-Vefa ve Dede Garkın gibi Baba İlyas da bilhassa konargöçer Türkmen ve Kürt aşiretleri arasında büyük nüfuz kazanmıştı. Elvan Çelebi'nin rivayetine göre Dede Garkın 400 halifesi arasından Hacı Mihman, Bağdın Hacı, Şeyh Osman ve Aynüddevle'yi genç halifesi ve aynı zamanda torunu olan Baba İlyas'ın emrine vermiş, onları Anadolu'yu irşad etmekle görevlendirmiştir (Menakıbü'l-kudsiyye'de, s. 17-19). Şeyhin emrini alan Baba İlyas, Amasya yakınlarındaki Çat köyüne gelerek burada bir zaviye kurdu. Bölgedeki Türkmenler arasında kısa sürede büyük bir taraftar kitlesi edindi; bir süre sonra Anadolu Selçuklu yönetiminden memnun olmayan zümreleri etrafında toplayarak büyük bir isyan hareketine girişti. İsyanı bastırmaya gelen Selçuklu ordusu yenilince Sultan II. Gıyaseddin Keyhusrev başşehri terketmek zorunda kaldı; nihayet paralı Frenk askerlerinin desteğiyle isyan bastırılabildi ve Baba İlyas öldürüldü (Ocak, Babaîler İsyanı, s. 85-139).İsyanın ardından Vefaiyye mensuplarının sıkı bir takibata uğradığı görülmektedir. Vefaî şeyh ve dervişleri bundan kurtulmak için merkezî otoritenin daha zayıf olduğu uç bölgelerine göç ettiler; Anadolu Selçukluları 'nın 1243 Kösedağ yenilgisinin ardından yıkılma sürecine girmesiyle birlikte bağımsızlıklarını ilan eden Dulkadiroğluları ve Eretnaoğulları beyliklerine ait topraklarda faaliyetlerini sürdürdüler. Vefaî dervişlerinin yerleştiği bölgelerden biri de Osmanlı Beyliği topraklarıydı. Bu sahada tarikatın en önemli temsilcisi Osman Bey'in kayınpederi Şeyh Edebali'dir. Muhtemelen kardeşi Ahî Şemseddin'den dolayı son dönemlere kadar bir Ahî şeyhi olarak gösterilen Şeyh Edebali'nin Vefaiyye tarikatına mensubiyeti Terceme-i Menakıb-ı Tacü'l-arifîn'de açıkça ifade edilmektedir (vr. 3a). Şeyh Edebali, Osmanlı Devleti'nin kuruluş aşamasında ilk Osmanlı beylerinin en büyük destekçilerinden oldu, hem Osman Gazi'nin hem de Orhan Gazi'nin takdirini kazandı. Şeyh Edebali'nin ilk Osmanlı beyleriyle kurduğu akrabalık ilişkisi ve beylerin bazı icraatları üzerinde söz sahibi kabul edilmesi, kendisi için Bilecik'te büyük bir zaviye yaptırılması, Vefaiyye tarikatının Osmanlı Beyliği'nin kuruluşundaki etkisini göstermesi bakımından önemlidir.
