Vazife aldığı dönemlerde Sultanla arası iyi iken Padişahla arasına soğukluk girer bütün vazifelerini terk ederek Karaman vilayetine gider. Karaman Beyi[1] bu duruma oldukça sevinir.
Vazife aldığı dönemlerde Sultanla arası iyi iken Padişahla arasına soğukluk girer bütün vazifelerini terk ederek Karaman vilayetine gider. Karaman Beyi[1] bu duruma oldukça sevinir. Kendisine 1000 Akçe ve talebelerine 500 Akçe tahsis edilir. Yakub el-Aṣfer ve Yakub el-Esved Karamanlılar olup molladan ilim tahsil ederler. Fenari kendilerinden ilim okumalarına çok memnun olur ve dostlarına bunlardan memnun olduğunu ifade etmek için Ya'ḳū-beyn bizden okudular iki Yakub'u biz okuttuk diye latife ederlermiş. Osmanlı Sultanı bu durumdan üzüntü duyunca Karaman Beyi'ne mektub yazıp Molla Fenari'nin dönmesi için ricacı olmasını ister. Ona çokça dualar edip aralarındaki hukukun büyük olduğunu belirtip kırgınlık ve soğukluğun kalkmasını isteyerek yanına dönmesinden memnun olacağını belirtir. Mektup beyin eline ulaşınca bey türlü yalvarmalarla Molla Fenarî'yi ikna eder. Molla Fenari, Karaman Bey'in kızı Gül Hatun ile evlenir. İki oğlu ve iki kızı olur. İki oğlu da kendisi gibi alim olarak yetişmişler ve onlar da Bursa'da kadılık yapmışlardır. Fenari Hazretlerinin torunları da ilimde iyi yetişmiş, irfan sahibi olmuşlar, Osmanlı devletine kadı olarak, şeyhülislam olarak hizmet etmişler, kurdukları vakıflarla başta cami yapımı olmak üzere, nice hayır ve hasenatta bulunmuşlardır. Tekrar Bursa'ya dönünce Fenari Hazretlerine tekrar eski müderrislik ve kadılık görevleri verilir. Hatta Sultan Çelebi Mehmet, Fenari Hazretlerini her işte merci yapmış. Bu durum Fenari Hazretlerine karşı devletin yüksek kademesinde kıskançlığa bile yol açmış. Daha sonra Sultan İkinci Murat Han'ın iltifat ve teveccühlerine de mazhar olan Fenari Hazretleri, bu sultan tarafından müftî lik ve kadılık makamının en yüksek derecesi olan şeyhülislamlık vazifesine tayin edilerek, Osmanlı Devleti'nin ilk şeyhülislamı olur. Kendisinin de kerametli hallerinin bulunduğu belirtilir kaynaklarda. Fenari, 1431-(1435) yılında Recep ayında Bursa'da vefat etti. Kabri kendi yaptırdığı caminin yanındadır. Memlekette İmam-ı Azam diye anılan Fenari, kütüphanesinde binlerce cilt kitap bırakır. Tefsir, tasavvuf, fıkıh, usul-i fıkıh, kelam, mantık ve belagat dallarında çok kıymetli eserler yazmış. Bunlardan birisi yüz kadar ilim ve fenden bahsettiği Enmûzecül-ulûm olup, telifini oğlu Mehmed Çelebi yapmıştır. Bu çalışması, Fahreddin Razi'nin Hadikatül-envar eserinden toplanmış. Bir diğer önemli eseri, Karamanoğlu Mehmed Bey adına yazdığı Ayn-ül ayan isimli Fatiha suresi tefsiridir. Bu tefsirinde tasavvuf, kelam, usul, meanî, belagat ve diğer ilimlerden de bahsetmesinden dolayı, tefsirin çok değerli olduğu ifade edilir. Usul-i fıkha dair yazdığı ve birçok önemli eseri tetkik ederek kaleme aldığı Fusulül-bedayi li usulüş-şerayi isimli eserini otuz senede tamamlamış. Mantıkla ilgili olarak yazdığı İsagoci şerhi de çok önemli bir eseri olup, Osmanlı medreselerinde uzun zaman ders kitabı olarak okutulmuş. Bu eserini bir günde yazmış. Yıldırım Beyazıt Han, Çelebi Sultan Mehmet ve Sultan İkinci Murat Han devirlerinde yaşayan Fenari Hazretleri, Bursa'yı ilim merkezi haline getirir. Ömrü öğrenmek ve öğretmekle geçer. Osmanlı medrese sistemini yeniden düzenler ve kendinden sonra gelenlere büyük tesiri olur. Sultan Yıldırım Beyazıt ve Somuncu Baba ile menkıbeleri vardır. Bursa'da kadı iken bir mahkemede Sultan Yıldırım Beyazıt'ın şahitliğine müracaat edilmesi gerekir. Kadı Fenari Hazretleri, Sultan'ın şahitliğini, cemaatle namaz kılmadığı için kabul etmez. Zira İslam'da cemaatle namaz kılmak şahitlik şartlarındandır. Bunun üzerine Yıldırım Beyazıt oturduğu sarayın yanına bir cami yaptırır ve namazlarını cemaatle kılmaya başlar. Cenazesi kendi yaptırdığı camiin haziresine defnedilmiştir. Öğrencileri arasında oğlu Mehmed Şah Fenarî, Şehabeddîn İbn Arabşah, Kadîzade Rûmî, Kutbüddînzade İzniḳī ve İbn Hacer el-Askalanî gibi alimler yetişmiştir. Osmanlı Devleti'nde ilmiye sınıfına tanınan imtiyazlar ilk defa II. Murad tarafından Molla Fenarî ailesine verilmiş, daha sonra bütün ilmiye ailelerine teşmil edilmiştir.[2]
[1] Ankara Savaşı'nın ardından Timur'un askerleri Bursa'yı ele geçirince, daha önce Yıldırım Bayezid'in esir alıp hapsettirdiği Karamanoğlu Alaeddin Bey'in iki oğlu II. Mehmed Bey ve Ali Bey hürriyetine kavuşmuş ve Timur tarafından Karamanlı ülkesinin yönetimine getirilmişti.
[2] Mecma'u'l-Eşraf Tenkitli Metin – Hakî'nin Şaka'ik Tercümesi
